การปรับปรุงโครงสร้างดินเป็นหัวใจสำคัญของการปลูกผักที่ยั่งยืน เพราะดินที่ดีจะช่วยให้พืชดูดซึมสารอาหาร น้ำ และอากาศได้อย่างเต็มที่ ดินที่เหมาะสมกับการปลูกผักควรมีโครงสร้างโปร่ง ระบายน้ำได้ดี และมีการระบายอากาศเพียงพอ เพื่อป้องกันไม่ให้รากผักขาดอากาศหายใจและเกิดโรครากเน่าได้ง่าย
เริ่มจากการเติมปุ๋ยหมักหรือปุ๋ยคอก เพื่อเพิ่มอินทรียวัตถุและปรับสมดุลดินให้มีความร่วนซุย จากนั้นควรไถพรวนดินให้ลึกประมาณ 20-30 เซนติเมตร เพื่อให้อากาศและความชื้นกระจายได้ทั่วถึง การปลูกพืชหมุนเวียนหรือปลูกพืชตระกูลถั่วก็เป็นอีกวิธีหนึ่งที่ช่วยเพิ่มธาตุอาหารและปรับปรุงโครงสร้างดินได้ดี
หลีกเลี่ยงการใช้สารเคมีที่มากเกินไป เพราะจะทำให้ดินแข็งกระด้างและขาดจุลินทรีย์ที่เป็นประโยชน์ การดูแลโครงสร้างดินอย่างต่อเนื่องและถูกวิธี จะช่วยให้ผักเจริญเติบโตได้ดีและเพิ่มผลผลิตในระยะยาว